У меня модлайн сверху (буфера), а минибуфер, как обычно, внизу (всего). По-моему модлайн вверху это вполне естественно. Комплишн при этом «в третьем месте» если что (helm). Все естественно.
Я б, может, был бы не против и общего модлайна на весь фрейм, меняющегося при переходе от буфера к буферу, как у Apple.