Можно как-то сделать так чтобы элемент с определенным классов игнорировал одну из колонок то есть если из 3 колонок только попадал на 1 или 2 колонку в css grid
Не, нельзя. Ну разве что ты знаешь сколько у тебя точно в строке элементов и их кол-во не будет меняться, тогда что-то вроде :nth-of-type(n+3)