Отдельным файлом да, хотелось использовать всю существующую обвязку, чтобы полифилы автоматом подключались. И там уже начинается веселье — приходится разбираться, как под капотом подключаются полифилы из google closure и подключаются ли; не конфликтует ли всё это с библиотеками из npm и так далее, я уже забыл, чтобы не помнить.