если я правильно понял, задача правильно связать абонентов мико друг с другом, пропуская их звонки через центральную fpbx.
тогда, да, на исходящих маршрутах навешивать префиксы, чтобы fpbx понимала откуда звонок приехал. по-идее ещё можно среди сотрудников провести разъяснительную работы и заставить их набирать сразу с префиксами