Сейчас у вас фрагментация проходит в 3 местах, на входящем порте криптокоммутора, на внешних интерфейсах с шифрованием и на исходящем порте криптокоммутатора (если все mtu дефолтные). т.е во всех местах к пакету который пролазит добавляется минимальный фрейм. Если включите опцию «Разрешение дефрагментации пакетов до пакетного фильтра», в Шифраторе, то такое мест останется только на внешних интерфейсах и будет лучше, а если включите прохождение jumbo в настройках коммутации, то всё станет вообще прекрасно. Не знаю как было раньше, но возможно с добавлением данных опций урезали где-то mtu и узких мест для jumbo фреймов стало больше. А так фрагментация работает корректно, результаты деградации зависят от железа. Не знаю зачем она вам нужно, но очевидно лучше её избегать во всех сетях.