Включите опцию «Разрешение дефрагментации пакетов до пакетного фильтра», в Шифраторе, так же данный пункт есть в Фрагментации.
Лучше конечно вначале напрямую попробовать т.к. в этом тесте процент потерь по умолчанию должен быть 0.001% что жёстко для большой сети, не знаю как в беркуте настроено...
2544 должен быть однонаправленный, отзеркальте трафик на свитче, если все пакеты будут мелкие, то фрагментации скорее всего нет.
И какая конкретно версия?