Если прям вручную то брать кликнутый блок, делать его абсолютом, и привязывать к мышке, далее при отпускании вычислять позицию относительно других элементов, дать ему порядок другой и вернуть позишн какой был
и работать не с кликами, а с drag and drop, так полегче.
события dragstart, dragend