Тем, что нужно писать код с расчетом на то, что его автосмерджат.
Ну вот у меня две фичи, в каждой надо поменять, например, генерацию описания операции.
При мердже будет или конфликт (в лучшем случае) или один вариант затрет другой (в среднем) или будет полная чушня (в третьем).
И разработчик должен понимать, а что произойдет.
Миграции БД в этом случае становятся нетривиальными, подход Flyway уже не сработает, нужно выстраивать список зависимостей миграций и в рантайме опеределять их последовательность (это реально, но из стандартных средств никто так не умеет).
И так далее - много разных тонкостей и особенностей.