Смею предположить, что аудитор говорил про обратный НДС с покупки услуг у нерезидента ЕС. Поскольку у компании не было НДС номера, покупку услуг не могли поставить в зачет и не платить с неё НДС.
Соответственно, сейчас Вам посоветовали получить НДС номер.
Проще говоря, если бы у компании был НДС номер, то обратный НДС не возникал бы при покупке услуг у физика-нерезидента.