ну в /var/lib может лежать файлы nextcloud-а условного, и получится что у тебя сам некстклауд старый, а всё, что в /var/lib, новое, и начнутся конфликты. С другой стороны там и файлы лежат, которые не должны влиять, но там ещё и БД, без которой эти файлы не видны... В общем там гемор начинается, проще восстановить старую версию и подтянуть недостающее вручную, что нужно, чем пытаться натянуть сову на глобус и потом пытаться понять, что не так