Прошлый конфиг плагин работал похожим образом: все оставалось в вендоре, а локальные конфиги дополняли и переопределяли вендорские. Но с этим подходом были большие проблемы в плане порядка мержа и деталей мержа. После нескольких месяцев разгребания этих проблем от мержа решили отказаться вообще, в результате чего конфиги уехали в проект, где их можно как угодно править. Так что варианта с переопределением дефолтов, которые лежат в вендоре, нет.