EK
"...Инфраструктура может знать про Application и Domain..." - возможно здесь опечатка, инфраструктура может знать про Application а уже Application в свою очередь про Domain. Мне кажется лучше уходить от ситуаций когда например напрямую в контроллерах что-то делаешь с "сущностями" (в таких случаях не раз наблюдал когда та самая бизнес логика переезжает в контроллер), ну или стремится свести такое к минимуму