Насколько я знаю, нет какого-либо ограничения по числу допустимых сайтов независимо от наличия SSL. Единственное чем ты ограничен это физическими показателями по квоте или максимальным числам на реальной железке, то есть, по герцам проца, гигабайтам озу и т.д.
Все остальное рамок иметь не должно, но тут важно оговориться, что ограничений нет только в VDS(и то не факт) какое-либо квотирование и ограничения присущи VPS\Хостингам, но это уже другая история.
При большом кол-ве сайтиков, разумнее было бы размещать их на поддоменах основного домена и сертификат выписывать типа wildcard