Это опять таки разговор про говнокод, никто не запрещает писать хороший код. Рекомендую почитать про то как WP сохраняет опции и как это оптимизированно в движке. У меня не возникает проблем со скоростью, я пишу плагины сам и подключаю их десятками и там всегда достаточно много настроек и все гуд