При конвертации из *.m3d в *.obj с Tractor converter к каждому слоту добавляется модель оружия, чтобы можно было понять, как слот будет выглядеть в игре. В конфиге m3d_to_obj.cfg есть опция m3d_weapon_file, где значение опции — название файла оружия. Она указывает какое именно оружие будет использоваться для демонстрации. Например, w1l — легкий махотин, w1h — тяжелый махотин и т.д.
По умолчанию стоит легкий махотин. При конвертации обратно из *.obj в *.m3d модели оружия игнорируются.
Вся эта информация есть в хелпе. Нужно запустить конвертер с ключом --help.