у кастомных классов реализовать интерфейс IUpdatable, в нем метод Tick (float timeSimulation) и bool Play {get;set;}. При загрузке сцены собирать всех, кто реализует интерфейс и в апдейт менеджере вызывать из одного апдейта все Tick(). в скриптбл обжект создать наборы из списков объектов, которые вкл/выкл в разные состояния приложения...