1. Префабы, которые лежат в проекте, спавнишь в нужный тебе момент с нужным состоянием
2. Точкой входа всегда может быть некий монобех, а на старте у него происходит всякое :)
3. Да
1. Префабы - это скрины с уведомлениями, наградами и прочее - они все лежат в отдельной папке. На сцене лишь экраны с игрой. Они между собой связаны, но я не заморачивался с тем, чтобы ещё и их расфасовывать. На сцене сейчас по-минимуму.
2. GameManager - главный вроде)
3. Делал интерфейсы при необходимости.