Если объект в инспекторе, то при класс = null вместо самого null классу присваиваются значения по умолчанию
нет разницы: в инспекторе класс или нет при сохранении префаба объект сериализуется. при загрузке - десериализуется что было записано на момент сериализации, то и будет сохранено. остальное, конечно, в дефолтах