Есть такое destroyedObstacles[0] = (GameObject) Instantiate(destroyedObstacles[0],player.transform.position,Quaternion.identity) as GameObject; Прикол в том шо все последующие инстансы спавнятся по игреку там, где упали прошлые
Обнули позицию объектов всех в префабе в окотором у тебя эти куски лежат и выставь нормально