я пока не услышал конкретных доводов не из серии "я сел себе на руки"
ты берешь СО за базу
получаешь из коробки сериализацию, инспектор, возможность легко это всё дебажить
если тебе по каким-то причинам нужны джсоны, ты все равно будешь писать код для парсинга
так напиши парсер сразу в СОшник
получишь возможность парсить в редакторе и рантайме, видеть всё сразу в инспекторе и менять это для дебага
1) если ты будешь писать в существующий объект, то ты как бы каждый раз ломаешь локально объект, в эдиторе его состояние не сбрасывается
2) если ты будешь писать в новый объект, то ты теряешь все преимущества, о которых ты говорил, а получаешь мемори лик и необходимость тянуть UnityEngine.dll с собой
3) У тебя нет возможности линковать в одном SO другой SO