Мне хочется понять, анимация там к корневому (самому верхнему по иерархии) объекту привязана или к тому, на который её навешиваешь?
к тому какой привязываю, но даже если нет вообще хирархии объектов, просто создаю 2 куба, создаю примитовную анимацию на каждом, например ротация на 360 градусов и экспортирую, та же проблема