3-х стороннее объединение делает не Compile.bat, а гит-клиент, в момент обновления твоего репо на актуальную версию типовой ванессы.
Ок, спс. Получается, клиент по каким-то настройкам (меткам / записям) в файле/файлах каталога локальной репы видит, что это форк и форк чего это, и берет обнову из основной ветки с приоритетом форка.