John Doe
То бишь изначально надо работать со своими обработками Ванессы, созданными через отдельный локальный репо?
А Compile.bat при сборке уже увидит, что лежит в каталоге форка, и сделает уже трехстороннее с объединением, правильно понял?
3-х стороннее объединение делает не Compile.bat, а гит-клиент, в момент обновления твоего репо на актуальную версию типовой ванессы.