Все просто, компонент свелт компилируется в js класс. В рамках приложения свелт инстанциирует вложенные компоненты сам, но всегда корневой компонент, который надо инстанциировать вручную.
В случае со стандартным шаблонном там зарождается все приложение. Но вообще на странице могут жить одновременно несколько отдельных приложений/виджетов, каждый из которых со своим корневым компонентом. Тогда в main.js могут создаваться несколько компонентов