1) криво обновление накатили
Пример ( с потолка): было измерение "ЗначениеДоступа"
В обновленной базе оно тоже присутствует, но под другим идентификатором.
В результате после всех махинаций с обновлением конфигуратор "забывает" о том что надо просто конвертнуть данные, а сначала удаляет данные в измерении, потом создает новую колонку ( пустую) и в итоге напарывается на неуникальность записей.
Одним из признаков того что криво обновили является отсутствие данной ошибки при обновлении копии и наличие ошибки при попытке обновить рабочую на основе копии.
2) изменили состав измерения в сторону сужения типов - например изначально добавили какой то тип, добавили данные с этим типом, а потом при обновлении этот тип убрали из доступных.