VP
То бишь склоняюсь к тому, что тут какая-то беда с этим MSA / gMSA (правами) на уровне ОС, безотносительно сертификатов и 1С.
Либо менеджер криптографии 1С, используемый в коде, не умеет с таким работать. А может код вообще через ПО КриптоПро получает список сертификатов - не смотрел сам код еще)
Под "обычным" пользователем ОС все работает.