вообще, я предлагаю в таких случаях fio ставить и использовать их рецепты.
но если сильно стараться делать всякие flush, то конечно результат не обрадует.
пакетная система apt не делает flush. вроде не должна
а сама LVM как прослойка сильно влияет на дисковую подсистему? вобще ЛВМ можно как-то криво прикрутить, чтоб сильно замедлить?