OK
Могу только назвать ключевое имя — Sven Rahmann. Он очень крутой, но я не всегда понимаю, что он делает)
Size: a a a
2021 July 26
BB
Спасибо
OK
Он придумал snakemake и вообще ведёт разработку на питоне, при этом один из лучших алгоритмистов
IF
Э snakemake не Köster придумал? Или это они вместе?
OK
Это его аспирант или постдок, я точно не знаю. Но Свен там пиай
.
Возможно что он пользуется numba
OK
И cython
IF
Ааа интересно!
DP
С cython можно писать вообще на си, находясь в пайтон. Потому если руки прямые - это очень круто, но и мистика исчезает).
IF
Ну, если на numpy все писать по-правильному, то тоже неплохая так скорость получается!
DP
Не спорю, но будут всякие затыки. Питон например добавляет прям адцкий оверхед даже на чтение файла)
OK
Кажется, это неплохой способ въехать в си. То есть понятно, что мы-то двусвязный список на анси си программировали, и нам это должно быть противно, но я наблюдаю двух чуваков, которые в поисках большей производительности стали использовать cython, и у них получилось
IF
Вообще, по моему небольшому опыту, большинство биоинформатических тулзов не требуют никакого ситона, а просто прямых рук и улучшения алгоритма. Переписать наивные всякие брут форсы...
(что и к моему коду часто тоже относится, конечно!)
(что и к моему коду часто тоже относится, конечно!)
OK
Не, ну есть вещи, которые реализуют классические вещи. Например, динамическое программирование
2021 July 27
Y
Только когда ты со своим дипломом биохимика во все это въезжаешь и можешь переписать хорошо свой код, твое пхд внезапно заканчивается 😅
IF
Верно! Оттуда и берутся такие тулзы 😂 системная проблема на самом деле: нормально мало где учат, все сами разбираются как умеют. Может, теперь уже лучше немного стало.
Ты вернулся с БМ, видимо, раз у тебя интернет? Там как всегда замечательно?
Ты вернулся с БМ, видимо, раз у тебя интернет? Там как всегда замечательно?
Y
Проблему эту обсуждали тут много раз. Мое мнение, что решить ее нельзя особо. Если есть какой-то тул, который реально нужен, то завлаб найдет денег и наймет программиста.
IF
Иногда тул нужен студенту вотпрямщас уже, или разрастается из простого скрипта постепенно...
VL
я вмешаюсь и повторюсь - много лет обучал по Ерёминским "Начала химии", насколько я знаю, все довольны
.
Хорошо, спасибо