Примерно так, да. Дупликации, возникающие при кластеризации, будут в соседних лунках. Их может быть много, если количество библиотеки, взятой на секвенирование (не конкретно вашей, а всей сиквенсной смеси, которая идет на дорожку/ячейку) по нижней границе или ещё ниже. У паттернованных ячеек есть некий trade-off между PF и количеством дупликаций, и его каждый секвенаторщик решает по-своему.

Да, я делал такой график, получается опять же около 80% в обогащённой зоне слева... Но точная отсечка по расстоянию зависит от секвенатора, так что это не очень удобно

Ага, спасибо! А при оптимальной загрузке, скажем, процент кластерных дупликатов между машинами или при разной глубине секвенирования постоянный?

Между машинами в пределах одной модели, думаю, одинаковый. Но это если прям все остальные факторы тоже одинаковы - что редко бывает, если не секвенировать контрольную библиотеку. А так, как известно, в каждой лаборатории наномоли немного разные (особенно если qPCR для проверки эффективности не ставить).

Хм а между моделями разный? Я пытаюсь секвенированием на iSeq проверить, секвенировать ли глубоко на NextSeq 2000, к примеру.
В принципе, после тестового секвенирования можно и молярность оценить лучше пПЦРа, наверное, так что загрузить можно очень точно в следующий раз

между моделями, которые отличаются типами ячеек, гарантированно разный. iSeq я плохо знаю. Способ детекции у них абсолютно безумный, а как с ячейками, не знаю, даже не видела данных с него, кажется, ни разу.

А какой там способ детекции? Про них информации вообще особо нет в сети, и даже реп иллюмины не ответила мне, больше там дупликатов или нет (хотя сказала, что качество ридов пониже)

Очень чудной, у них там один флуорофор на все 4 нуклеотида, вот тут: https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/techspotlights/cmos-tech-note-770-2013-054.pdf это хорошо объясняется. Но это к дупликациям не имеет отношения по идее.

ячейки тоже паттернованные, но при этом совсем другие

Фигасе, спасибо! Чего они выдумывают такое... Чтобы в одном канале снимать?

Мда, если ячейки другие, я не удивлюсь, если и дупликатов больше🤔

Во, студенты меня тоже спрашивают - а зачем они такое сделали?! Мне кажется, правильный ответ - just because we can! Но ещё, говорят, производство дешевле. Хотя с учетом низкой производительности прибора тоже сомнительное преимущество

Да, наверное, делать ячейки на CMOS чипах дёшево, и более scalable - это ж прямо интегрировано с камерой получается. Но CMOS не различает цвета, кажется, поэтому пришлось выдумывать странную химию

То-то они айсеки бесплатно раздают) нашему фасилити в нагрузку к новому некстсеку дали. Тестирование новой технологии...

Компания QIAGEN объявляет конкурс «Грант молодого учёного 2021»

📌 Для поддержки выдающихся научных работ молодых учёных QIAGEN спонсирует ежегодную программу наград, доступную для аспирантов и тех, кто получил степень кандидата наук в последние 5 лет.

✅ Победитель получит призовой пакет реагентов QIAGEN на сумму до 10 000 долларов США.

✅ В конкурсе предполагаются также два дополнительных призовых места. Участникам, занявшим дополнительные призовые места, будет предоставлена годовая скидка размером 50% на всю продукцию QIAGEN для научных исследований, действующая до конца 2022 года.

❗️ Подача заявок открыта с 08 апреля по 08 июля 2021 г.

🔻 Конкурс доступен для молодых учёных России и других стран ЕАЭС (Казахстан, Киргизия, Беларусь, Армения).

➡️ Узнать подробнее и подать заявку можно на сайте.

#конкурс #QIAGEN #грант

Товарищи из европейских лаб, а вы у кого сейчас ПЦР-стрипы заказываете?

А те, кто устанавливают локдаун, точно компетентны (не в локдауне, а вообще)? Попила бабла точно нет?

конечно есть