MS
и вообще лить антитела и антитела в крови это абсолютно разные вещи
Size: a a a
2021 June 23
MS
Ну так льют сыворотку же
VS
При поднятии гири запасается потенциальная энергия, которая при отпускании переходит в кинетическую
Представьте гири в первом и втором опыте на одинаковой высоте. В первом случае начальная скорость гири равна нулю и далее увеличивается благодаря ускорению свободного падения. Во втором – уже есть ненулевая скорость на этой высоте
Представьте гири в первом и втором опыте на одинаковой высоте. В первом случае начальная скорость гири равна нулю и далее увеличивается благодаря ускорению свободного падения. Во втором – уже есть ненулевая скорость на этой высоте
MS
вопрос был почему веревка рвется - как описать разрыв веревки с точки зрения физики? в обоих случаях конечная энергия на момент положения гири на вытянутой веревке одинаковая
D
с чего это она одинаковая
IF
А знает ли тут кто-нибудь про оценку комплексити библиотек по неглубокому секвенированию? И как это связано с оптическими дупликатами или дупликатами кластеризации, то есть как их число себя ведет при разной глубине чтения? Это все про иллюмину, и в частности на patterned flowcells.
SS
Сила упругости и закон Гука, всё описано уже до тебя.
VS
Упростим задачу. Вот висит гиря на резинке. Ее никто не трогает. Растяжение резинки компенсирует силу тяжести. Это положение равновесия.
Теперь чуть-чуть поднимем гирю. Она начнет колебаться в районе положения равновесия (грузик на пружинке). Энергия будет больше, чем в первом случае. В самой нижней точке гиря будет ниже, чем в равновесии, а в самой верхней - выше.
Поднимем гирю сильней. Амплитуда колебаний увеличится.
Поднимем еще сильней. В нижней точке растяжение станет слишком сильным, и резинка порвется.
Все понятно?
Теперь чуть-чуть поднимем гирю. Она начнет колебаться в районе положения равновесия (грузик на пружинке). Энергия будет больше, чем в первом случае. В самой нижней точке гиря будет ниже, чем в равновесии, а в самой верхней - выше.
Поднимем гирю сильней. Амплитуда колебаний увеличится.
Поднимем еще сильней. В нижней точке растяжение станет слишком сильным, и резинка порвется.
Все понятно?
ML
low complexity на простейших репортах fastqc хорошо видно ("пилочка" в per base sequence content). Паттернированные ячейки её любят ещё меньше, чем обычные
ML
число дупликатов больше зависит не от комплексити, а от плотности кластеров
IF
У меня проблема не low complexity, а насколько high complexity - я секвенирую около миллиона ридов, чтобы понять, секвенировать ли несколько сотен миллионов, грубо говоря
ML
1. сделайте даунсэмплинг и постройте кривую насыщения, посмотрите, где ваша точка на ней находится 2. удалите дуплицированные риды, но только не как попало, а по-умному, с учетом координат (или UMI, если есть) и посмотрите, что останется.
IF
Даунсемплинг да, попробую, спасибо! UMI нет, что значит по-умному удалить дупликаты? С учетом геномных координат или или координат на дорожке? Я вот как раз с помощью числа дупликатов пытался оценивать комплексити, и что-то странные результаты получаются - чем больше тестовая библиотека отсеквенирована, тем больше комплексити... И это меня привело к идеям про не-ПЦР дупликаты.
2021 June 24
MS
дубликаты кластеризации можно ловить по координатам на чипе, что есть в хедере ридов
MS
число уникальных молекул в принципе считается через UMI и их покрытие
MS
но можно и по сдвижкам если вы картируете
в общем fig1 тут https://www.jimmunol.org/content/194/12/6155.short немного об этом рассказывает
в общем fig1 тут https://www.jimmunol.org/content/194/12/6155.short немного об этом рассказывает
ML
Координат на дорожке, да.
IF
Ок, спасибо. Самое простое при низком числе дупликатов: дупликаты из одного тайла - дупликаты кластеризации. Так пойдет? У меня получается примерно 80% всех дупликатов такие
IF
Ага, там явно не patterned flowcell на картинке, пик слева до 100 только...
MS
не, это flow cells для старых Hiseq и Miseq, но стоит такой график построить