у меня функция почти вся состоит из нумпаевских операций

https://pastebin.com/Vuh4QyLP

я сейчас читаю про numpy.vectorize, она как  то компилирует функции

Ага, 5 минут

в 7 строке срез, что бы скрипт не вешался на час)

они ничего не компилирует

Да, np.vectorize не может ничего скомпилировать на самом деле, она просто дергает питоновский код.

А "твоя функция" - это что?
line_dot_3d_dist, которая применяется к img_arr?

Она, насколько я вижу, полностью векторная, только я не понимаю, что она она делает, но её, судя по всему можно переписать как композицию.

Ты считаешь расстояние до какой-то прямой?

img_arr это список пикселей  
он представляется облаком точек в 3д пространстве
и рассчитывается линия вдоль которой распределены эти точки

координаты концов линии живут в   p_comp_a, p_comp_b


функция берет эти концы, и rgb значения (координаты в 3д пространстве)
и считает расстояние пикселя до линии по перпендикуляру

А, понял, ты считаешь, насколько пиксели облака отклоняются от "тренда".

да

скорее всего нужно в самой line_dot_3d_dist оперировать матрицами, а не отдельными пикселями
но я пока не придумал как

Тогда, на мой взгляд, надо сделать так.
Сначала перенести все точки облака так, чтобы прямая проходила через 0. Это векторная операция.
Потом скалярно умножить на нормированный вектор этой прямой, это тоже векторная операция, дающая проекцию на эту прямую. Это векторная операция.
Потом посчитать скалярный квадрат всего облака. Это векторная операция.
Потом вычесть из скалярного квадрата облака квадрат проекции на прямую. Это векторная операция.
Потом извлечь квадратный корень из разности.

Чтобы не возиться с многомерными массивами, я бы, действительно, его сплющил сразу в развертку.

Ну то есть суть в том, что ты придумываешь, как для одного вектора из облака посчитать расстояние до прямой, а потом это применяешь ко всему облаку.

Квадрат расстояния до прямой, проходящей через 0 - это квадрат длины вектора минус квадрат его проекции на эту прямую.

заработало) теперь считается почти мгновенно

Вот!

Ребят, а это вообще норм продавать мотивационные письма в зарубежные университеты? Это же легко выяснить кто его купил, но а если это будет решающим для кандидатов с купленным и не купленным письмом? Кто что думает? Стоит это обсуждения? *Среди них нет писем по направлениям физики, математики, CS
https://is.gd/2Fo1Ng