В случае той статьи сомнительность была в том, что там вообще не были описаны методы, которыми эти транскриптомы анализировались. Я подозреваю, что они просто не сделали поправку на множественное сравнение, и что обнаруженные различия в экспрессии генов это просто артефакт. Но, поскольку анализ вообще никак не описан, наверняка это сказать нельзя.