ИП
Так и делаю, но я боюсь потерять качество картинки почем зря таким способом
Size: a a a
2021 June 04
ИП
то, что надо, спасибо!
RS
Pinta
JČ
(Минутка пятничного флуда) господа биоинформатики, а у вас тоже уже прокачан скилл «вот список генов, объясни, почему это хороший биомаркер для (рандомная болезнь)»? У меня 7 генов для боли в суставах, я за 20 минут нашла объяснение для каждого, это же ничего такого про эти 7 генов не значит, или значит?
MS
Feature importance по публичным датасетам рнасека? Список снипов ассоциированных в них. Go / kegg / ingenuity terms?
Но и manual описание впридачу много стоит
Но и manual описание впридачу много стоит
JČ
Да там 7 штук, какие блин пути (я замаппила, это часть 20-минутной работы, результат kind of make sense), но это очень все субъективно, имхо, я ж знаю болезнь и ее молекулярные пути. Связывается с ними - и вуа-ли
G
Лучше всего конечно когда есть формула
Риск ~ клиника + биомаркеры
И точность померяна
Риск ~ клиника + биомаркеры
И точность померяна
JČ
Да, и снипы, и даже метилирование нашлось,
MS
Ну вот и все ок. А дальше тестить
JČ
Ну тык из этой модели мы и вытащили 7 штук с ненулевыми коэффициентами, даже с хитрым FDR-контролем
G
Модель из семи предикторов должна еще дать площадь под кривой AUC ROC на независимой выборке, вот оно и нужно
MS
А что тебе ещё нужно? Пазвей для индивидуального гена достаточно определенная весч.. нее обязаны твои 7 генов быть в одном пазвее
G
Для прогностического исследования механические функциональные объяснения даже не нужны - auc roc > 0.9, и хрен с ним
JČ
Ладно, буду спать спокойно. Я уже просто давно не гоняла functional analysis, мне уже кажется, что я найду объяснение для любого рандомного гена, но наверное я накручиваю себя. Уговорили :) спасиб
MS
Понять механизм это хороший тон. А датасет тестовый нужен совершенно отдельный
JČ
Ну с ними все же сильно спокойне
G
В gwasах ни один из предикторов по сути не является каузальным, и это норм
JČ
Тестовый лежит пока аки святой грааль. В последний момент будем валидировать. А пока у нас всякие cross-validation, там все ништяк, выбираем на одних, тестим на других, смотрим added value к клиническим переменным
G
Проблема с генами в том что описаний функций так много что уже несложно "увидеть смысл" в связи любого гена с любой кондицией
JČ
Вот об этом и речь. Там супер сложный фенотип, где есть и иммунка, и ненормальный ангиогенез, и всякие костные и эпителиальные истории, и метаболические синдромы и триггерят болезнь, и усиливаются у больных. Так что да, я на раз-два нахожу связь и начинаю спрашивать, можно ли ей верить. Ну будем пока «верить».