У меня, как ни странно, остались тёплые чувства о Битриксе, который использовали на моей прошлой работе. Он поначалу был очень сырым, но потихоньку разработчики вроде допилили его до юзабельного состояния.
В сравнении с этим JIRA, которую используют часть команд в EMBL-EBI, мне показалась запредельным адищем, хоть вешайся. Очень не рекомендую.
А сейчас в нашей команде мы используем Zenhub, который по своей сути обёртка: ишьюс, комментарии и т. п. хранятся в гитхабе, а Zenhub позволяет поверх этого хранить статусы, создавать спринты, подпроекты и т. п.