O
Видимо я очень старая))
У меня обычно планы на отпуск - это Икея, строительные магазины и стоматолог :DD
У меня обычно планы на отпуск - это Икея, строительные магазины и стоматолог :DD
Эээ... все отпуски - только свалить куда-то подальше...
Size: a a a
2021 April 05
ДИ
Ребят, а расскажите, пожалуйста, по какому принципу вы выбираете, когда вам идти в отпуск?)
Когда уже никаких моральных сил работать...
ДИ
Видимо я очень старая))
У меня обычно планы на отпуск - это Икея, строительные магазины и стоматолог :DD
У меня обычно планы на отпуск - это Икея, строительные магазины и стоматолог :DD
Жиза
BK
То есть все таки можно? Вопрос только в том, как это обосновать?
Используйте UMAP или NCVis, tSNE нельзя использовать для препроцессинга.
DP
UMAP тоже аккуратно, только на больших размерностях он сохранит расстояния, чтобы там авторы не говорили
BK
UMAP тоже аккуратно, только на больших размерностях он сохранит расстояния, чтобы там авторы не говорили
Да.
BK
Для визуализации можно 2, для препроцессинга лучше подобрать. К NCVis это тоже относится.
SK
То есть все таки можно? Вопрос только в том, как это обосновать?
Всегда можно взять pca и поверх pca сделать k-means, Тогда вообще все погнятно
MS
Товарищи, здесь может кто проконсультировать по поводу кластеризации транскриптомов для метаанализа? А именно, корректно ли применять сначала MDS для понижения размерности, а затем на полученной матрице дистанций k-means для выделения кластеров? Я не нашла подобных статей с таким применением, а t-sne не очень для bulk рнасека подходит, насколько мне известно
Можно но есть некий tradeoff между скоростью и потерей информации. И в данном случае pca корректнее чем tsne и mds
ЛУ
Всегда можно взять pca и поверх pca сделать k-means, Тогда вообще все погнятно
По pca получается что первые две компоненты объясняют меньше 50 процентов дисперсии, поэтому решила не использовать
SK
По pca получается что первые две компоненты объясняют меньше 50 процентов дисперсии, поэтому решила не использовать
Взять 10 компонент. Как тут сказали, кластеризовать надо в пространстве > 2, например, PCA 10 компонент, там сделать кластеризацию. А вот проекцию уже umap\tsne на эти 10 компомент натянуть и отобразить в 2 ЧИСТО для визуализации
M
Можно но есть некий tradeoff между скоростью и потерей информации. И в данном случае pca корректнее чем tsne и mds
Насчёт рса и mds не совсем согласен емнип PCA = классический mds в евклиде (почти)
M
По pca получается что первые две компоненты объясняют меньше 50 процентов дисперсии, поэтому решила не использовать
Эмммм, в биологии иначе редко, и в первых компонентах между прочим часто находится нежелательные конфаундеры
АС
А можете подсказать, передаётся ли иммунитет от матери ребёнку, полученный от вакцины? И можете ссылок покидать?
Е
А можете подсказать, передаётся ли иммунитет от матери ребёнку, полученный от вакцины? И можете ссылок покидать?
Передаётся. Беременным как раз и рекомендуют прививаться чтоб у ребёнка в первые полгода был достаточный иммунитет (пока прививки все не сделают).
АС
Екатерина
Передаётся. Беременным как раз и рекомендуют прививаться чтоб у ребёнка в первые полгода был достаточный иммунитет (пока прививки все не сделают).
А если мать получила вакцины до беременности, получит ли ребёнок иммунитет по этим вакцинам?
ДИ
Mr.britva
Насчёт рса и mds не совсем согласен емнип PCA = классический mds в евклиде (почти)
Я извиняюсь что влезаю в беседу профессионалов - а РСА это рентгено-структурный анализ или шо то другое?
KT
Я извиняюсь что влезаю в беседу профессионалов - а РСА это рентгено-структурный анализ или шо то другое?
Principal component analysis
M
Я извиняюсь что влезаю в беседу профессионалов - а РСА это рентгено-структурный анализ или шо то другое?
Нет, это анализ главных компонент
ДИ
Чур меня