IF
Что расширить? Данные на много гигов?
Size: a a a
2021 April 01
IF
Всм? Нет
Ааа тогда никому вообще не надо делать собственный хайгласс, все просто на их сайте
АТ
Так на их сайте наших карт нет..
IF
Так на их сайте наших карт нет..
Так значит надо ваши данные шарить, о том и вопрос
NB
Нужно карты загрузить в «хранилище» локальное на этом развернутом докере. Но как не могу подсказать, это лучше спросить у тех кто развертывал такое хранилище и/или загружал.
MS
Что расширить? Данные на много гигов?
нет просто скинуть матрицу в plain text на гите а смотреть куски в jupyter или r
IF
нет просто скинуть матрицу в plain text на гите а смотреть куски в jupyter или r
Вы когда-нибудь с хайси работали?
MS
да, а в чем проблема?)
IF
да, а в чем проблема?)
Ну, не похоже по вашим комментариям. Матрицу в текст скинуть увеличит ее объем многократно, и никакой гит такое не хостит. Проще кулер файлы шарить. Но это тоже задолбаешься смотреть в статической визуализации, интерактивный браузер несравнимо удобнее
NB
можно, конечно, гит-лфс сделать, и хостить большие файлы, но для шаринга кул-файлов с прочей аннотацией в хайгласе и так есть, кажется, вся необходимая инфраструктура
NB
вообще похоже на copy & paste подход, что априори не очень хорошо
АТ
Вообще, оказывается, можно открыть свою карту в jupyter notebook, не разворачивая docker
IF
Вообще, оказывается, можно открыть свою карту в jupyter notebook, не разворачивая docker
Можно. Но это надо уметь пользоваться джупитером, и т.п. :)
(Что не все коллабораторы могут уметь)
(Что не все коллабораторы могут уметь)
MS
1) можно на aws или на локальный сервер закинуть если разрешение большное и нужна пряма целиковая карта
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
NB
1) можно на aws или на локальный сервер закинуть если разрешение большное и нужна пряма целиковая карта
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
так higlass и выражен целиком в коде)
MS
последовательность действий в код пишется? тогда круто
IF
1) можно на aws или на локальный сервер закинуть если разрешение большное и нужна пряма целиковая карта
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
2) > интерактивный браузер несравнимо удобнее
в биоинформатике все что не отражено в коде и не сравнено через код по факту не особо воспроизводимо
Эээ да, первый пункт и есть хайгласс. А второй, это конфиг хайгласса, который определяет все настройки
NB
вот да
IF
Да и вообще, не стоит недооценивать полезность просто посмотреть на карту интерактивно, поскроллить, посравнивать с чип-секами и другими картами... Это как бы в статью не идёт, но нейросетка в мозге учится, что данные вообще показывают
MS
Тут я согласен, я просто к тому говорил что проще шерить конфиги и выгруженные куски данных, если народ не может поднять инфраструктуру) Иначе это выглядит как задача для админа лаборатории, а не научного сотрудника)