Ничего после этих адских трёх недель не запомнил :D

Все эти объяснения на 5 минут плодят гениев, приходящих к тебе на фейсбук и доказывающих, что вещь X делается легко, ибо им эксперты Y и Z все объяснили

А те им как раз 5минутки и рассказали

На самом деле, может иметь смысл какую-нибудь лекцию посмотреть. За 5 минут не получится, но за час можно получить хоть какое-то представление

Ну у меня знакомая недавно родила. И вот мне спросить у неё, наблюдала ли она за собой изменения ... И перечислить список изменений. Понятно, что всё индивидуально, но всё-таки

1. Ну основное это то, что ребёнок внутри растёт постепенно меняя анатомию: органы брюшной полости сдвигаются, им остаётся меньше места и полноценная работа затрудняется (например, на 9 месяце в туалет хочется каждые 20-30 минут). ОДА готовится к родам, позвоночник и таз меняют свою анатомию.
2. Гормоны: пролактин отвечает за сохранность беременности и лактацию. Увеличивается грудь, появляется молозиво, отключается мозг, может характер поменяться.
Релаксин увеличивает эластичность связок, поэтому есть постоянное ощущение что ходишь как на шарнирах.
Короче начинаешь как обычная женщина, а заканчиваешь как шарик с шарнирными конечностями, у которого decision-making работает только вокруг детских вопросов.

эм, а чем не вариант спросить, почувствовала ли она какие-то изменения и послушать ответ? Вываливать список изменений - такая себе идея. Типа, мне тут эксперты рассказали, что у тебя должно быть то-то и то-то.

Но вообще гормональный фон меняется сильно и тут уже у каждой женщины свои спецэффекты.

у меня лично основное изменение было, что вдруг появилось какое-то дополнительное существо в квартире

которое орёт, не даёт спать и вообще непонятно что с ним делать

У меня следующий вопрос. Вот я оплатил 30кратное полное сканирование генома (не в РФ, конечно, тут ППС работает в обратную сторону). Стали бы вы на моем месте доплачивать 700 баксов за то, чтобы вместо 30кратного сделали 100кратное? Или и 30кратное это уже достаточно хорошо, если, насколько известно, тьфу-тьфу-тьфу, нет чего-то смертельного(но есть хроническое и вероятно генетическое)?

Я щас могу сказать ересь, то вроде в где то я видел, что стандарт это 30, мб где то даже в FDA

По опыту могу сказать, что 30× действительно вполне хорошее, рабочее покрытие. Но очень важно ещё смотреть на долю ридов-дубликатов (как ПЦР, так и оптических). Иногда, когда мало биоматериала, пытаются добить до нужного покрытия путём увеличения количества циклов ПЦР. При этом, например, наблюдаемое покрытие может быть 30×, а после дедупликации остаётся 5×. Это важно, потому что по сути мы наблюдаем только 5 биологически различных фрагментов, а не 30.

А по терминологии, покрытием называют уже после фильтрации всех кривых ридов (мультимаперы, лоу скор, пцр дупликаты) или как придется?

В принципе, и то и то — это "покрытие", просто до и после фильтрации, но называют действительно как придётся, нужно уточнять в каждом случае...

Кстати, забавный факт — в VCF в зависимости от коллера можно насчитать аж три разных значения покрытия для позиции:

1. Полное покрытие INFO/DP — вообще все риды

2. Покрытие после фильтрации FORMAT/DP — минус дубликаты и прочие плохие риды по усмотрению коллера

3. Покрытие ридами, которые в итоге пошли в определение генотипа — сумма FORMAT/AD

Поскольку это тоже особенно нигде не описано, можно долго ломать голову, почему они иногда ВСЕ РАЗНЫЕ, ЪУЪ

Коллеги-биоинформатики, хелп!
Если у меня имеется бамка с человеческими ридами замапленными на вирус, я хочу с помощью featureCounts, посчитать количество этих ридов, подаю на вход gtf-ку этого вируса, во флаге GTF.featureType по дефолту стоит "exon", меняя на "CDS", получаются немного другие результаты. Как правильно выбрать featureType для вирусов, чтобы это максимально верно отражало экспрессию вирусных генов?

Ого у вас статей там, круто!

Я прошу прощения, конечно, за такой вопрос – а зачем оно надо было, если не понятно что с ним делать?

А что за вирус? Если мРНК полицистронные, то поставьте еще параметр "allowMultiOverlap=T"