В рейтинге участвует:

групп:

каналов:

Виртуальный сервер на SSD - недорого!

Аренда выделенных и виртуальных серверов (VDS/VPS), хостинг, аренда IP-адресов, администрирование, круглосуточная поддержка

qwarta.ru подробнее

Резервное копирование с проверкой на вирусы!!!

Удобный сервис создания резервных копий на любой сервер сети интернет. Отслеживайте изменения, проверяйте на вирусы. Надежно защитите свой бизнес!

go.backupland.com

Выбираете сервер? Любая конфигурация на заказ!

Аренда физических серверов любых конфигураций под любые запросы - 1С бухгалтерия, игровые сервера, нагруженные проекты, интернет-магазины!

qwarta.ru подробнее

Size: a a a

Science FYI

2565 membersпожаловаться на группу
2021 March 20

ML

Maria Log in Science FYI
ну WGA творит чудеса. В плохом смысле слова.
источник
19:24пожаловаться#1

MS

Mike Sh in Science FYI
а все прочитал диалог. Я думал что с rolling cycle стоит сперва собрать риды в длинные, поднять качество на перекрывающихся местах, а уже только потом юзать сборщики
источник
19:24пожаловаться#2

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Dmitry A
По "крысиным" плазмидам в базах  видимо до сих пор статья https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0087924 аукается)
journals.plos.org
Hundreds of Circular Novel Plasmids and DNA Elements Identified in a Rat Cecum Metamobilome
Metagenomic approaches are widespread in microbiological research, but so far, the knowledge on extrachromosomal DNA diversity and composition has largely remained dependant on cultivating host organisms. Even with the emergence of metagenomics, complete circular sequences are rarely identified, and have required manual curation. We propose a robust in silico procedure for identifying complete small plasmids in metagenomic datasets from whole genome shotgun sequencing. From one very pure and exhaustively sequenced metamobilome from rat cecum, we identified a total of 616 circular sequences, 160 of which were carrying a gene with plasmid replication domain. Further homology analyses indicated that the majority of these plasmid sequences are novel. We confirmed the circularity of the complete plasmid candidates using an inverse-type PCR approach on a subset of sequences with 95% success, confirming the existence and length of discrete sequences. The implication of these findings is a broadened understanding of…
Авторы именно эти, кажется, да. А чем работа знаменита? Не читал раньше ее
источник
19:26пожаловаться#3

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Maria Log
ну WGA творит чудеса. В плохом смысле слова.
Да, весьма вероятно, что какой-то факап на этом этапе
источник
19:26пожаловаться#4

DA

Dmitry A in Science FYI
Marco Scavenger
Авторы именно эти, кажется, да. А чем работа знаменита? Не читал раньше ее
Да они просто нормально изучили плазмиды из одного типа сообществ, и из-за этого получился сильный перекос в генбанке.
поэтому часто видел новые плазмиды  с хитами именно туда, даже если крысами и не пахло.
источник
19:28пожаловаться#5

M

MT in Science FYI
German
Главное в том что реально сделать прям целенаправленную атаку будет не просто, имхо рабочий механизм
Суд линча так-то оч рабочий механизм
источник
19:31пожаловаться#6

G

German in Science FYI
MT
Суд линча так-то оч рабочий механизм
В данном случае как мы убедились решение выносится демократическим голосованием за и против
источник
19:33пожаловаться#7

M

MT in Science FYI
German
В данном случае как мы убедились решение выносится демократическим голосованием за и против
Суд линча - не демократия
источник
19:33пожаловаться#8

PV

Peter Vanin in Science FYI
Настя
Добрый вечер!
Подскажите, пожалуйста, есть ли в Москве лабы, которые изучают гермафродитизм или интерсексуальность?
Мне кажется этот вопрос лучше переадресовать группе "Выход" из Петербурга, и местным т*активистам. Тот город лучше развит в данном вопросе
источник
19:37пожаловаться#9

G

German in Science FYI
MT
Суд линча - не демократия
Тема для флудилки :) является ли голосование в чате где нет ни суда ни следствия судом линча
источник
19:38пожаловаться#10

M

MT in Science FYI
German
Тема для флудилки :) является ли голосование в чате где нет ни суда ни следствия судом линча
Принцип тот же, и тема касается конкретно этого чата
источник
19:38пожаловаться#11

Н

Настя in Science FYI
Peter Vanin
Мне кажется этот вопрос лучше переадресовать группе "Выход" из Петербурга, и местным т*активистам. Тот город лучше развит в данном вопросе
Благодарю за ответ
источник
19:53пожаловаться#12

MS

Mike Sh in Science FYI
Peter Vanin
Мне кажется этот вопрос лучше переадресовать группе "Выход" из Петербурга, и местным т*активистам. Тот город лучше развит в данном вопросе
там тоже эпигенетику Coris julis исследуют?)
источник
19:55пожаловаться#13

АТ

Алёна Таскина... in Science FYI
Marco Scavenger
Да, весьма вероятно, что какой-то факап на этом этапе
У нас тоже в образцах после WGA есть куча каких-то небластующихся ридов (но я их не собирала в скэффолды, просто пробовала выравнивать короткие риды). Вот в статье написано, что фи29 часто делает перескоки, поэтому и такие риды, видимо  https://bmcbiotechnol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1472-6750-7-19#Sec2
BMC Biotechnology
Mechanism of chimera formation during the Multiple Displacement Amplification reaction
Background Multiple Displacement Amplification (MDA) is a method used for amplifying limiting DNA sources. The high molecular weight amplified DNA is ideal for DNA library construction. While this has enabled genomic sequencing from one or a few cells of unculturable microorganisms, the process is complicated by the tendency of MDA to generate chimeric DNA rearrangements in the amplified DNA. Determining the source of the DNA rearrangements would be an important step towards reducing or eliminating them. Results Here, we characterize the major types of chimeras formed by carrying out an MDA whole genome amplification from a single E. coli cell and sequencing by the 454 Life Sciences method. Analysis of 475 chimeras revealed the predominant reaction mechanisms that create the DNA rearrangements. The highly branched DNA synthesized in MDA can assume many alternative secondary structures. DNA strands extended on an initial template can be displaced becoming available to prime on a second template creating the chimeras.…
источник
21:40пожаловаться#14

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Алёна Таскина
У нас тоже в образцах после WGA есть куча каких-то небластующихся ридов (но я их не собирала в скэффолды, просто пробовала выравнивать короткие риды). Вот в статье написано, что фи29 часто делает перескоки, поэтому и такие риды, видимо  https://bmcbiotechnol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1472-6750-7-19#Sec2
BMC Biotechnology
Mechanism of chimera formation during the Multiple Displacement Amplification reaction
Background Multiple Displacement Amplification (MDA) is a method used for amplifying limiting DNA sources. The high molecular weight amplified DNA is ideal for DNA library construction. While this has enabled genomic sequencing from one or a few cells of unculturable microorganisms, the process is complicated by the tendency of MDA to generate chimeric DNA rearrangements in the amplified DNA. Determining the source of the DNA rearrangements would be an important step towards reducing or eliminating them. Results Here, we characterize the major types of chimeras formed by carrying out an MDA whole genome amplification from a single E. coli cell and sequencing by the 454 Life Sciences method. Analysis of 475 chimeras revealed the predominant reaction mechanisms that create the DNA rearrangements. The highly branched DNA synthesized in MDA can assume many alternative secondary structures. DNA strands extended on an initial template can be displaced becoming available to prime on a second template creating the chimeras.…
Ну там не все риды не выравниваются, поэтому я и пробовал собрать
источник
21:41пожаловаться#15

IF

Ilya Flyamer in Science FYI
Хе, я тоже хотел написать про перескоки, но все-таки они не настолько частые, чтобы отдельные короткие риды не бластовались ИМХО
источник
21:41пожаловаться#16

АТ

Алёна Таскина... in Science FYI
Ну я проверяла то, что не выравнивается на целевой организм плюс мышь, человек, еколи. Такого было процентов 5, может
источник
21:44пожаловаться#17

MS

Marco Scavenger in Science FYI
Алёна Таскина
Ну я проверяла то, что не выравнивается на целевой организм плюс мышь, человек, еколи. Такого было процентов 5, может
Я выравнивал на несколько целевых и дальше уже с unmapped работал
источник
21:45пожаловаться#18

MS

Marco Scavenger in Science FYI
В процентах в одном образце было даже сильно меньше 5, а в другом - около 10%, и из этих 10% очень большая часть не бластилась
источник
21:46пожаловаться#19

ВБ

Владислав Бегунов... in Science FYI
Здравствуйте.
Я из Москвы пишу научную работу.Мне нужна книжка которая хранится в библиотеке РНБ в вашем городе.Ищу человека который помог бы мне.Мне нужно что бы человек сфотографировал страницы данной книги за денежное вознаграждение.Если у вас есть такая возможность или знакомый у которого есть желание мне помочь то напишите.
источник
21:46пожаловаться#20