В рейтинге участвует:

групп:

каналов:

Виртуальный сервер на SSD - недорого!

Аренда выделенных и виртуальных серверов (VDS/VPS), хостинг, аренда IP-адресов, администрирование, круглосуточная поддержка

qwarta.ru подробнее

Резервное копирование с проверкой на вирусы!!!

Удобный сервис создания резервных копий на любой сервер сети интернет. Отслеживайте изменения, проверяйте на вирусы. Надежно защитите свой бизнес!

go.backupland.com

Выбираете сервер? Любая конфигурация на заказ!

Аренда физических серверов любых конфигураций под любые запросы - 1С бухгалтерия, игровые сервера, нагруженные проекты, интернет-магазины!

qwarta.ru подробнее

Size: a a a

Science FYI

2326 membersпожаловаться на группу
2020 December 24

РА

Рита Апарина... in Science FYI
Oleg Tarasov
Нужен поиск строго определённой последовательности? И среди какого набора белков?
Да, 4 аминокислоты последовательно должны быть в белке обязательно, белки человека, но по функционалу или по группе не важно какие белки, т к это тестовый эксперимент
источник
16:08пожаловаться#1

OT

Oleg Tarasov in Science FYI
Рита Апарина
Да, 4 аминокислоты последовательно должны быть в белке обязательно, белки человека, но по функционалу или по группе не важно какие белки, т к это тестовый эксперимент
Тогда лучше не BLAST и подобные инструменты, а что-то из программ для поиска мотивов. Например,
https://www.genome.jp/tools/motif/
или
https://prosite.expasy.org/scanprosite/ (в режиме 2 = scan motifs against database)
источник
16:15пожаловаться#2

OT

Oleg Tarasov in Science FYI
Под вашу задачу scanprosite даже лучше
источник
16:15пожаловаться#3

MS

Mike Sh in Science FYI
Рита Апарина
Да, 4 аминокислоты последовательно должны быть в белке обязательно, белки человека, но по функционалу или по группе не важно какие белки, т к это тестовый эксперимент
>белки человеческие
Скачиваете протеом через UniProt и ищете через string.find в любом ЯП подстроку
источник
16:18пожаловаться#4

DP

Defragmented Panda in Science FYI
есть идеи сколько весит генофонд человека? все варианты генов которые нашли
источник
16:28пожаловаться#5

D

Dmitry in Science FYI
Mike Sh
>белки человеческие
Скачиваете протеом через UniProt и ищете через string.find в любом ЯП подстроку
В юнипроте это даже встроено: https://www.uniprot.org/peptidesearch/
источник
16:31пожаловаться#6

РА

Рита Апарина... in Science FYI
Огромное всем спасибо что сориентировали!
источник
16:59пожаловаться#7

DM

Di Mencia in Science FYI
Ребят, а 25 декабря в Европе начинаются каникулы? Я пишу cold letters профессорам, и думаю, 25 уже бесполезно? До какого каникулы вообще зимние?
источник
18:12пожаловаться#8

O

Orodret in Science FYI
Mike Sh
>белки человеческие
Скачиваете протеом через UniProt и ищете через string.find в любом ЯП подстроку
Может просто grep?
источник
18:13пожаловаться#9

_

_ncyx in Science FYI
Di Mencia
Ребят, а 25 декабря в Европе начинаются каникулы? Я пишу cold letters профессорам, и думаю, 25 уже бесполезно? До какого каникулы вообще зимние?
В Германии до 7 января. В целом по-разному.. Не позже 10 ответ:)
источник
18:13пожаловаться#10

DP

Defragmented Panda in Science FYI
Di Mencia
Ребят, а 25 декабря в Европе начинаются каникулы? Я пишу cold letters профессорам, и думаю, 25 уже бесполезно? До какого каникулы вообще зимние?
25дек-1 янв каникулы

https://www.gov.uk/bank-holidays
GOV.UK
UK bank holidays
Find out when bank holidays are in England, Wales, Scotland and Northern Ireland - including past and future bank holidays
источник
18:14пожаловаться#11

MS

Mike Sh in Science FYI
Orodret
Может просто grep?
Либо grep да, но с парой комманд чтобы дотащить хедер из fasta
источник
18:14пожаловаться#12

O

Orodret in Science FYI
Mike Sh
Либо grep да, но с парой комманд чтобы дотащить хедер из fasta
Ммм... grep -B1 ?
источник
18:14пожаловаться#13

MS

Mike Sh in Science FYI
А если несколько строк?
источник
18:15пожаловаться#14

DM

Di Mencia in Science FYI
Всем спасибо:)
источник
18:15пожаловаться#15

O

Orodret in Science FYI
Mike Sh
А если несколько строк?
Тогда все плохо, со string.find тоже, так как надо убирать переносы строк
источник
18:16пожаловаться#16

MS

Mike Sh in Science FYI
Ну автоматом через библиотеку только
источник
18:16пожаловаться#17

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Orodret
Тогда все плохо, со string.find тоже, так как надо убирать переносы строк
ну если не парсить фасту руками, то, кажется, все библиотеки нормально сшивают мультилайн фасту. а там уже find
источник
18:26пожаловаться#18

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
хотя, конечно, если поиск надо будет повторять и брать разные пептиды, то, кажется, проще сразу сделать просто таблицу с координатами, например ди/трипептидов в белках... постойте, кажется. мы только что изобрели бласт xD
источник
18:27пожаловаться#19

PD

Paulina D in Science FYI
Di Mencia
Ребят, а 25 декабря в Европе начинаются каникулы? Я пишу cold letters профессорам, и думаю, 25 уже бесполезно? До какого каникулы вообще зимние?
Официальные праздники в разных странах по-разному, но 25 точняк везде выходной. Ещё очень многие берут недели 2 отпуска вокруг рождества и НГ. Думаю, что с понедельника уже многие гуляют.
источник
18:29пожаловаться#20