Хм, надо будет попробовать.
Разбавлять Сибр можно водой или буффером. Ленивый вариант: иметь мастер микс с буффером для загрузки ДНК, чтобы просто разом добавлять в образец. Стоит заметить, что предсмешанные красители, особенно если ещё SDS, могут влияить на скорость хода и интенсивность окрашивания, но обычно прокатывает (и сильно экономит краситель и время). Также замечу, что совсем правильный вариант - не в гель, а пост окрашивание.
По поводу плотности геля, могу посоветовать загуглить картинку с одной и той же линейкой в гелях разной плотности, чтобы лучше понимать, что как разделяется (спойлер - всё хорошо не разделить). Но не знаю, как Вы, а я 2% гели растапливал и заливал с трудом, и подозреваю, что в литературе больше 2% не упоминают, потому, что их нереально сделать. (хотя агароза с модифицированными свойствами тоже бывает, но это извращенство). Будте осторожны с советами 2.5+%
Общий рецепт лучшего разделения: гнать на более низкой силе тока - и просто медленее и холоднее, я помню в спрингере протокол уровня 4С 40V на ночь из 80х (пробовать не стоит). Проблема, что 100bp и подобные будут чуть более разпозползшиеся из-за диффузии