Size: a a a

2020 August 30

KL

Kirill Lepik in Science FYI
VAS
просто буквально позавчера знакомый рассказывал про использование «вирусных наночастиц» для доставки чего-то в клетку. Он - контакт, или нет?
Ну у меня в вопросе как раз есть соответствующая инфа, невирусная доставка нуклеиновых кислот, скорее всего нет
источник

V

VAS in Science FYI
Kirill Lepik
Ну у меня в вопросе как раз есть соответствующая инфа, невирусная доставка нуклеиновых кислот, скорее всего нет
а в уточнении уже наночастицы. Они могут быть, насколько я знаю, ДНКовыми, липозомами, белковыми... (помимо на вирусных).
Я также что-то знаю про белковые, правда опять же не ДНК-груз
источник

MN

Mr. Nobody in Science FYI
VAS
Не оч полезный ответ: точно помню методы, полагающиеся на такого рода контроле какой-то экзонулеазы (есть шанс найти инфу впринципе). В теории та же температура могла бы помочь. Стоит помнить, что концентрации могут повлиять на разброс.
ясно, чет не гуглиться пока, может быть можно останавливать экзонуклеазную реакцию, например, пришив биотин через линкер к нуклеотиду, а потом линкер отрезать?
источник

V

VAS in Science FYI
Mr. Nobody
ясно, чет не гуглиться пока, может быть можно останавливать экзонуклеазную реакцию, например, пришив биотин через линкер к нуклеотиду, а потом линкер отрезать?
там был какой-либо метод толи клонирования, толи чего-то такого. Есть шанс изобретения из головы, но может речь была об очистке от праймер-даймеров/мелкого мусора: там некая экзонуклеаза съедала одну из цепей целиком, но не успевала в длинных фрагментах, которые после денатурации экзонулеазы заполнялись. Также начинает думаться, что может там счёт скорости шёл на kb... ><
источник

Е

Екатерина in Science FYI
Чатик, привет! а есть у кого ссылка на онкочатик? Нужно найти хорошего врача онколога-маммолога в Москве или МО.
источник

r

recursive self model in Science FYI
Kirill Lepik
Ну у меня в вопросе как раз есть соответствующая инфа, невирусная доставка нуклеиновых кислот, скорее всего нет
Не читал весь тред, но у меня одногруппница делает что-то такое с гистонами и ДНК - чекает, как меняют гистоны эффективность трансфекции
источник

V

VAS in Science FYI
Mr. Nobody
ясно, чет не гуглиться пока, может быть можно останавливать экзонуклеазную реакцию, например, пришив биотин через линкер к нуклеотиду, а потом линкер отрезать?
по части хитрой химии, стоит убедится, что она работает. Мы защищаем олиги 2-3 phosphorothioate, но это не просто убрать(
Биотин к нуклеотиду - как минимум интересно, но хз, как будет работать. Биотин, даже двойной на конце у нас не сработал
источник

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Mr. Nobody
подскажите как контролировать скорость поедания ssDNA в направлении 5 - 3 экзонуклеазой T5?
титровать магний эдта?)
источник

MN

Mr. Nobody in Science FYI
VAS
там был какой-либо метод толи клонирования, толи чего-то такого. Есть шанс изобретения из головы, но может речь была об очистке от праймер-даймеров/мелкого мусора: там некая экзонуклеаза съедала одну из цепей целиком, но не успевала в длинных фрагментах, которые после денатурации экзонулеазы заполнялись. Также начинает думаться, что может там счёт скорости шёл на kb... ><
у меня  20-mer dsDNA c липкими концами 5' , хотелось бы сделать сначала тупые (допустим есть такая экзонуклеаза). потом сделать 3' липкие концы в глубину 5-6nt
источник

MN

Mr. Nobody in Science FYI
VAS
по части хитрой химии, стоит убедится, что она работает. Мы защищаем олиги 2-3 phosphorothioate, но это не просто убрать(
Биотин к нуклеотиду - как минимум интересно, но хз, как будет работать. Биотин, даже двойной на конце у нас не сработал
биотинилированные dNTP есть запатентованные
источник

V

VAS in Science FYI
Mr. Nobody
у меня  20-mer dsDNA c липкими концами 5' , хотелось бы сделать сначала тупые (допустим есть такая экзонуклеаза). потом сделать 3' липкие концы в глубину 5-6nt
Увы, я ничего больше не знаю. Только предостерегу, что 10-8 пар оснований- уже не оч стабильный при 37С и даже высоком магнии димер, так что будте осторожны.
Если гели/время позволяют, я бы предложил попробовать и потом нам рассказать
источник

LL

Lama Llama in Science FYI
Екатерина
Чатик, привет! а есть у кого ссылка на онкочатик? Нужно найти хорошего врача онколога-маммолога в Москве или МО.
источник

Е

Екатерина in Science FYI
Спасибо!
источник

V

VAS in Science FYI
Может, оно так. Можно по структуре прикинуть.
Забыл добавить, что в нашем случае биотин на конце как-то защищал, если ещё стрептавидин добавляли ><
источник

KL

Kirill Lepik in Science FYI
recursive self model
Не читал весь тред, но у меня одногруппница делает что-то такое с гистонами и ДНК - чекает, как меняют гистоны эффективность трансфекции
Интересно, сейчас в лс постучусь
источник

DK

Dm Kz in Science FYI
recursive self model
Не читал весь тред, но у меня одногруппница делает что-то такое с гистонами и ДНК - чекает, как меняют гистоны эффективность трансфекции
мне тоже интересно! есть какие-то публикации по этой теме?
источник

r

recursive self model in Science FYI
В лс отпишусь )
источник

MN

Mr. Nobody in Science FYI
VAS
Может, оно так. Можно по структуре прикинуть.
Забыл добавить, что в нашем случае биотин на конце как-то защищал, если ещё стрептавидин добавляли ><
не понял, от чего биотин со стрептавидином защищал?
источник

V

VAS in Science FYI
Mr. Nobody
не понял, от чего биотин со стрептавидином защищал?
от экзонуклеаз.
это не самый удобный способ, я поищу где и зачем это было, но вроде такие конструкты легко появлялись, благодаря модифицированным праймерам и пцр, продукт которого надо было потом защищать от экзонуклеаз. Опять же, не самая полезная инфа, но вдруг...
источник

MN

Mr. Nobody in Science FYI
VAS
от экзонуклеаз.
это не самый удобный способ, я поищу где и зачем это было, но вроде такие конструкты легко появлялись, благодаря модифицированным праймерам и пцр, продукт которого надо было потом защищать от экзонуклеаз. Опять же, не самая полезная инфа, но вдруг...
ясно, вот встроили нуклеотид с биотином в dsDNA, потом же после него обычный нуклеотид полимеразой встроен, так у вас?
источник