LP
Так и сделала 😉
Size: a a a
2020 July 15
LP
Оставался вопрос Flye или что получше для коротких кольцевых использовать для этого)
O
Оставался вопрос Flye или что получше для коротких кольцевых использовать для этого)
Да он самый норм вроде
LP
Спасибо!
O
Спасибо!
Если что, можно просто несколько итераций отбора ридов делать
DA
Да он самый норм вроде
У флая были какие-то тонкости как раз с короткими (сравнимыми с длиной ридов) кольцевыми геномами. Но попробовать точно стОит)
r
господа, а по de novo сбоке митохондриального генома кто-нибудь может подсказать? вижу софт Norgal, но может знаете получше, на нанопоровских ридах)
А какой ожидаемый размер молекул? Я недавно делал проект по этому, пробовал разные ассемблеры, лучше всего на данных нанопора получилось с использованием Flye v2.7 в метагеномном режиме, - он сходу дал полный вариант сборки
r
У более ранних версий метагеномный режим работал не так хорошо
r
Затем фильтрация кольцевых контигов и поиск среди них непосредственно митохондриальных (в общем, всех, кто не бластился на яд. геном родственников и имел отличный от ядерного GC состав)
ML
господа, а по de novo сбоке митохондриального генома кто-нибудь может подсказать? вижу софт Norgal, но может знаете получше, на нанопоровских ридах)
а чей митогеном, интересно? Если млека, то там же длина всего генома сравнима с длиной рида . А если, например, растения, то я вам сочувствую. У нас дело закончилось тем, что коллега написал свой сборщик :) https://github.com/shelkmike/Elloreas
ML
но да, на коротких кольцевых могут получаться конкатенаты
O
А какой ожидаемый размер молекул? Я недавно делал проект по этому, пробовал разные ассемблеры, лучше всего на данных нанопора получилось с использованием Flye v2.7 в метагеномном режиме, - он сходу дал полный вариант сборки
Ну, это у Ryan Wick было хорошее сравнение, там тоже флай выигрывал. Хотя он не метагеномы делал
O
Maria Log
а чей митогеном, интересно? Если млека, то там же длина всего генома сравнима с длиной рида . А если, например, растения, то я вам сочувствую. У нас дело закончилось тем, что коллега написал свой сборщик :) https://github.com/shelkmike/Elloreas
У нас был растительный, вроде норм было
O
Maria Log
но да, на коротких кольцевых могут получаться конкатенаты
А там проблема в конкатенатах? У флая в целом была с этим проблема, но это видно потом при анализе
ML
ну растения тоже разные бывают. Другой вид canu собрал сходу. А в этом несколько колец и адские вставки из хлоропластного
r
Ну, это у Ryan Wick было хорошее сравнение, там тоже флай выигрывал. Хотя он не метагеномы делал
Это видимо популярный обзор ))
В обычном режиме флая получалось хуже, видимо, из-за сильной разницы в покрытии гетерогенных митомолекул
В обычном режиме флая получалось хуже, видимо, из-за сильной разницы в покрытии гетерогенных митомолекул
O
Maria Log
ну растения тоже разные бывают. Другой вид canu собрал сходу. А в этом несколько колец и адские вставки из хлоропластного
Кстати, у растений лучше хлоропластные риды сразу откидывать вроде, а то они вечно лезут...
ML
Кстати, у растений лучше хлоропластные риды сразу откидывать вроде, а то они вечно лезут...
о да. Но для сборки митогенома это может не сработать, потому что много вставок хлоро->мито
O
Maria Log
о да. Но для сборки митогенома это может не сработать, потому что много вставок хлоро->мито
Много - в смысле, они там и должны быть? Не ошибки сборщика?
r
Я так понимаю, у растений весьма хищные митогеномы, куда лезет всё подряд