AZ
Maria Firuleva
а вы можете посоветовать формальные способы сравнить результаты при разных параметрах? в контексте single cell или в целом когда мы заранее не знаем число кластеров
ну если абстрактно для кластеризации, то принято считать силуэты
Size: a a a
2020 May 07
MF
ну если абстрактно для кластеризации, то принято считать силуэты
ага, для sc их даже имплементировали в каком-то пакете ) но как я поняла, он больше подходит для методов с заранее известным K и скорее нужен для оценки того, насколько каждый объект хорошо кластеризован при заданном K
AZ
Maria Firuleva
ага, для sc их даже имплементировали в каком-то пакете ) но как я поняла, он больше подходит для методов с заранее известным K и скорее нужен для оценки того, насколько каждый объект хорошо кластеризован при заданном K
ну вообще нет. по распределению силуэтов можно, в целом, сравнить качество двух любых кластеризаций. и не важно, отличаются ли они по по количеству или размеру кластеров.
AZ
Maria Firuleva
ага, для sc их даже имплементировали в каком-то пакете ) но как я поняла, он больше подходит для методов с заранее известным K и скорее нужен для оценки того, насколько каждый объект хорошо кластеризован при заданном K
например у меня при непараметрической кластеризации выщепилось много мелких кластеров, которые, на самом деле очень близки. А вот если их иерархично схлопнуть (красная область на дереве), то качество становится сильно лучше.
IV
Есть хайп, что переливание крови с анителами больным помогает им вылечиться. За механизм и реальность этого не скажу, не разбираюсь, но кричат об этом примерно столько же, сколько о плато, на которое якобы вышла Россия
Ну, про плато вообще ничего не могу сказать.
Но с плазмой тема есть.
То, чем сейчас лечат - это либо что-то прям очень дорогое (актемра), либо всё-таки с ещё не доказанной эффективностью (хлорохин, который вроде таки выкинули, и ремседивир). Либо это поддерживающая терапия, которая не решает проблему. Либо ещё непонтно (клексан и прочее).
Плазма не факт что сработает. Но если она сработает - это будет очень круто, т.к. переболевших людей полно, и получить этот ресурс (относительно) несложно. Но чтобы это понять, надо дофига исследований, а для этого надо, чтобы переболевшие зашевелились. Поэтому, к сожалению, надо немного развести хайпа.
Но с плазмой тема есть.
То, чем сейчас лечат - это либо что-то прям очень дорогое (актемра), либо всё-таки с ещё не доказанной эффективностью (хлорохин, который вроде таки выкинули, и ремседивир). Либо это поддерживающая терапия, которая не решает проблему. Либо ещё непонтно (клексан и прочее).
Плазма не факт что сработает. Но если она сработает - это будет очень круто, т.к. переболевших людей полно, и получить этот ресурс (относительно) несложно. Но чтобы это понять, надо дофига исследований, а для этого надо, чтобы переболевшие зашевелились. Поэтому, к сожалению, надо немного развести хайпа.
MF
ну вообще нет. по распределению силуэтов можно, в целом, сравнить качество двух любых кластеризаций. и не важно, отличаются ли они по по количеству или размеру кластеров.
спасибо, тогда подобнее почитаю) а к последнему слайду случайно нет записи лекции? )
AZ
мм, нет, это у меня было в бэкап-слайдах, так что до него дело не дошло)
SK
ну вообще нет. по распределению силуэтов можно, в целом, сравнить качество двух любых кластеризаций. и не важно, отличаются ли они по по количеству или размеру кластеров.
точно, силуэты забыл
MS
это большая проблема кластеризации, не всегда можно адекватно найти N
к сожалению как показывает практика, если приходится долго и бесцельно играться с параметрами классификации, то данные скорее всего г-но )
MS
а так естественно стоит делать это в supervised manner, сверяясь например с ожидаемой композицией по популациям
SK
нууу первое приближение всегда будет 30 pc + umap, а там уже будет понятно, есть структура хоть какая то или нет
AZ
а так естественно стоит делать это в supervised manner, сверяясь например с ожидаемой композицией по популациям
++ все-таки кластеры должны иметь хотя бы оттенок просматриваемого биологического смысла. иначе это может быть артефактом чего угодно)
AZ
другое дело себя вовремя отдернуть, чтобы таки не натянуть данные на свою сферическую картину мира)
SK
другое дело себя вовремя отдернуть, чтобы таки не натянуть данные на свою сферическую картину мира)
недавно в лабе спорили на эту тему
SK
у нас есть marseq протокол + завезли dropseq, сделдали на дропсеке пилотный scrnaseq, не очень глубокое секвенирование, хотим понять, сработало или нет
SK
подход 1 - перебирать варианты кластеризации, смотреть глазами на "о че тут за маркеры ну ка ну ка"
SK
подход 2 - сравнивать с "эталонными" кластерами (композиция клеток +- одна и та же), ну может чуть их склеить (чтобы убить fine scale структуру)
MF
а что значит сравнить с эталонными кластерами? взять публично доступные данные, которые точно ок, и посмотреть, что будет при мердже?
MF
Переслано от Sergey Kolchenko
подход 2 - сравнивать с "эталонными" кластерами (композиция клеток +- одна и та же), ну может чуть их склеить (чтобы убить fine scale структуру)
SK
Maria Firuleva
а что значит сравнить с эталонными кластерами? взять публично доступные данные, которые точно ок, и посмотреть, что будет при мердже?
Взять наши данные, мы знаем, какой "набор" клеток должен быть