Marina Afanasyeva
Всем привет! Ищу, кто может мне помочь разобраться с одной lincRNA. Кто шарит? Мне надо понять, существует ли она реально (ее нет в Genome Browser, а в ZENBU её место относят к нетранслируемой части IKZF3) и как детектировать её риал-таймом? Она есть в DIGE и Ensemble, но там мало инфы и нет экзон-интронной структуры.
если вы хотите понять, тот ли это транскрипт, что и IKZF3 - надо будет еще отдельно сделать RT-qPCR на этот ген (лучше использовать intron-spanning primers, если там есть интроны). Если его меньше или он не экспрессируется в отличие от вашей lincRNA - удача. Если эксрессируется на том же уровне - сложно сказать. И да, для RT лучше берите random hexamers