AB
Ну как бы ячейка, если без баркодов - это обычно от 15 гб и получается. И да, делить на пять машин - это не очень "спокойно живем"
Да лан, это 15 минут твоего времени
Size: a a a
2019 November 06
O
R9 или R10? Вторая будет кстати коллить раз в пять кажется медленнее
Это ж ячейки, а не версия гуппи? Оо И кста, р10 уже пускала?
AB
Моего то бишь)
AB
Это ж ячейки, а не версия гуппи? Оо И кста, р10 уже пускала?
Да, но видимо с R10 снимается больше данных, они же обещали что-то в стиле пору с двумя сужениями, чтобы потом смотреть разницу между сингалами. Если они последовали своим обещаниям, то там раза в три минимум больше инфы.
O
Да лан, это 15 минут твоего времени
Ну такое, с ячейки около 300-500 гб сырых данных, их надо разбить на 5 кусков, скопировать на машины, на каждой запустить коллер, потом все собрать
AB
Я коллила один раз с Р10 и это было пипец как медленно
AB
Ну такое, с ячейки около 300-500 гб сырых данных, их надо разбить на 5 кусков, скопировать на машины, на каждой запустить коллер, потом все собрать
Ну у меня проще, все лежит в одном месте, я просто переключаюсь между машинами и запускаю одну и ту же команду. Если кусков будет больше, напишу скрыпт!
O
Наверняка, мой пойнт был, что все-таки можно и по старинке
Ну, можно, но нафиг. Мы так прикинули, что по хорошему, можно на ходу по мере секвенирования коллить, бинить, периодически собирать геномы, и стопать сиквенс, когда сборка скажем бактерии в колечки соберет
AB
Ну да, я не спорю же, что гпу лучше)))
AZ
Ну у меня проще, все лежит в одном месте, я просто переключаюсь между машинами и запускаю одну и ту же команду. Если кусков будет больше, напишу скрыпт!
да по хорошему, даже переключаться не надо) кластерные системы очередей позволяют запускать массивы задач, которые дают дополнительные переменные окружения или номер задачи) и сами запустят на нужном чанке)
O
Ну да, я не спорю же, что гпу лучше)))
Ну, пока у нас сервере не было видяхи, пришли к тому, что быстрее коллить и процессировать у меня на рабочем компе с 1080, чем на 72 потока на сервере
AB
1080 - это что? разрешение экрана? )
AB
Ну, пока у нас сервере не было видяхи, пришли к тому, что быстрее коллить и процессировать у меня на рабочем компе с 1080, чем на 72 потока на сервере
А это ты про универский сервер? Или еще какой?
O
да по хорошему, даже переключаться не надо) кластерные системы очередей позволяют запускать массивы задач, которые дают дополнительные переменные окружения или номер задачи) и сами запустят на нужном чанке)
Думаю, если у тебя есть нормальный кластер, задача с бейсколлингом решается несколько иначе))
O
1080 - это что? разрешение экрана? )
O
А это ты про универский сервер? Или еще какой?
Нет конечно, свят-свят-свят))
Наш, личный, в институте))
Наш, личный, в институте))
AB
Нет конечно, свят-свят-свят))
Наш, личный, в институте))
Наш, личный, в институте))
Сорян, котором институте? Я не следила за твоими перемещениями)
O
Сорян, котором институте? Я не следила за твоими перемещениями)
вниисхм
AB
О, отличное место. Выходит ты из Петергофа переехал в Пушкин?