scala native — это как будто ты хочешь писать на си, но с использованием скалы. То есть всё крутится вокруг нативной экосистемы.
А грааль — это когда ты пишешь обычное жвм приложение, которое потом компилируется не в байт код, а в нативный бинарь. Тут всё крутится вокруг жвм экосистемы.