Если ставить php-fpm, то и апач лучше на nginx заменить.
Не всегда этим хочется заниматься, т.к. есть много сервисов, которые поставляют свой софт подразумевая, что ты будешь использовать его с апачем. Поэтому там бардак — паблик файлы от внутренних конфигов не отделены, т.к. проблему доступа к конфигам решает .htaccess файл. И приходится все эти файлы за симлинки прятать, а энджинкса запрещать по симлинкам ходить
В общем, без апача в нашем мире плохого было бы меньше