Задать уровень микрофона в каком нибудь pavucontrol. А в конкретных приложениях запретить регулировать автоматически уровень. Например в Skype есть такой переключатель. Но это от ситуации зависит, автоматическая регулировка не такая уж плохая функция.
вот, несмотря на положение этого переключателя, уровень микрофона всегда задран... ищу сейчас по крону, видимо, буду дергать его обратно