Я вот этим пользовался: https://justgo.alwaysdata.net/global/. Оно берёт маршруты в отображаемой области прямо из базы по запросу. А транспортные слои на сайте у меня тоже обновились только недели через 3-4 после того, как намапил автобусов.
По PTv2 маршруты в каждую сторону должны быть отдельным отношением. Внутри отношения могут быть точки остановок, точки платформ (лучше вместе), набор линий без разрывов (1-я линия которого должна начинатся с первой остановки, а последняя линия должна заканчиваться на последней остановке)