Хотя это все таки не главный вопрос) мое мнение начинать с Котлин в том плане, что очень много флаттер девелопер перешли с натива. И если нужно будет разбирать платформенный код - сделать это сложнее, если нет опыта Котлина и свифта
все зависит от конечной цели
если приложение будет только отображать инфу с бэка, то тут натив не нужен и флаттера достаточно (я так думаю)
а вот если что-то по сложнее и потребуется дописывать нативом то да, тут уже сложнее будет